Добрый день, если организация заключила гражданско – правовой договор (договор гражданско – правового характера) на выполнение работ (оказание услуг) с лицом, не являющимся предпринимателем, то с вознаграждения, выплачиваемого исполнителю по этому договору, она должна будет исчислить, удержать и уплатить НДФЛ (п. 1, 2, 4, 6 ст. 226 НК РФ, Письмо Минфина от 26.05.2014 № 03-04-06/24982). Даже если в договоре будет прописано, что физлицо самостоятельно должно уплатить НДФЛ с суммы своего вознаграждения, обязанность по исчислению и уплате НДФЛ все равно будет лежать на другой стороне – организации, поскольку именно она в данном случае является налоговым агентом (Письмо Минфина от 09.03.2016 № 03-04-05/12891).
Изучите внимательно раздел вашего Договора – Размер и порядок оплаты работ/ Стоимость услуг и порядок расчетов/ Условия оплаты и т.п. В вашем случае, должна быть указана стоимость ваших услуг (в т.ч. сумма НДФЛ).
С Уважением, Анастасия Владова.