Здравствуйте, Илья.
К сожалению, есть судебная практика, согласно которой, если в цене контракта выделен НДС, то он подлежит уплате в бюджет, даже если контракт заключен с исполнителем, применяющим УСН.
Постановление Арбитражного суда Поволжского округа от 2 апреля 2015
г. N Ф06-21773/2013
В документации об электронных аукционах, в том числе проектах договоров на выполнение работ указано, что стоимость работ включает сумму налогов (документация об аукционе N 371/14-ЭА извещение N 0111300000114001213), в проекте договора на выполнение работ в документации об аукционе N 373/14-ЭА, извещение N 0111300000114001207, также указано, чтостоимость работ включает сумму НДС), в сметах на проектные работы по указанным аукционам отражено, что сумма работ включает НДС, общая сумма, указанная в сметах соответствует начальной (максимальной) цене контракта, указанной в извещении.
Судебные инстанции, учитывая правовую позицию Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации, изложенную в Постановлении от 21.02.2012 N ВАС-1045/12, обоснованно указали, что сумма НДС обязательна к уплате в соответствующий бюджет Российской Федерации вне зависимости от применяемой системы налогообложения.
Что касается снижения цены контракта, то такое снижение согласно ст. 95 Закона № 44-ФЗ возможно только при наличии определенных условий, одним из которых является согласие заказчика. Впрочем, даже при согласии заказчика на уменьшение цены контракта с учетом приведенной судебной практике НДС подлежит уплате в бюджет.