Может ли работодатель уволить беременную, если у нее на руках нет своего экземпляра ТД?

Вы правильно отметили 2 НДФЛ как один из документов, подтверждающих продолжение работы в указанной организации, кроме того в Пенсионном Фонде имеются сведения о перечислении страховых взносов. Это тоже документ, не позволяющия работодателю прекращать трудовые отношения задним числом. В случае нарушения Ваших прав как беременной Вы вправе обратиться в следственный отдел СК РФ.для привлечения виновного. уголовной ответственности согласно

УК РФ Статья 145. Необоснованный отказ в приеме на работу или необоснованное увольнение беременной женщины или женщины, имеющей детей в возрасте до трех лет
 

Необоснованный отказ в приеме на работу или необоснованное увольнение женщины по мотивам ее беременности, а равно необоснованный отказ в приеме на работу или необоснованное увольнение с работы женщины, имеющей детей в возрасте до трех лет, по этим мотивам — наказываются штрафом в размере до двухсот тысяч рублей или в размере заработной платы или иного дохода осужденного за период до восемнадцати месяцев либо обязательными работами на срок до трехсот шестидесяти часов.