Как поступить в данном случае заказчику?

Да, есть. В случае неуплаты в установленный срок суммы штрафа, Заказчиком будет обращено взыскание на средства, представленные в качестве обеспечения исполнения Контракта.

Согласно ст. 381.1 ГК РФ, 

1. Денежное обязательство, в том числе обязанность возместить убытки или уплатить неустойку в случае нарушения договора, и обязательство, возникшее по основаниям, предусмотренным пунктом 2 статьи 1062 настоящего Кодекса, по соглашению сторон могут быть обеспечены внесением одной из сторон в пользу другой стороны определенной денежной суммы (обеспечительный платеж). Обеспечительным платежом может быть обеспечено обязательство, которое возникнет в будущем.

При наступлении обстоятельств, предусмотренных договором, сумма обеспечительного платежа засчитывается в счет исполнения соответствующего обязательства.

2. В случае ненаступления в предусмотренный договором срок обстоятельств, указанных в абзаце втором пункта 1 настоящей статьи, или прекращения обеспеченного обязательства обеспечительный платеж подлежит возврату, если иное не предусмотрено соглашением сторон.

В качестве такого обстоятельства контрактом может предусматриваться обязанность исполнителя выплатить штраф.

Если в контракте указано, что внесенная исполнителем в качестве обеспечения денежная сумма засчитывается в счет исполнения обязательства по выплате неустойки (пени, штрафа), Вы можете удержать из суммы обеспечения сумму штрафа.