Как можно снять заработную плату ген директора ООО и подать отчетность?

Здравствуйте, Ирина!

С начала открытия ооо директор ни разу не снимал свою зп, но все отчисления ежемесячно оплачивались.

По правилам расчетов невостребованная заработная плата должна депонироваться в организации. Поэтому сейчас вы имеете все основания получить эту депонированную оплату.  

 Возможно ли как то снять со счета всю зп за прошедшие года и как это можно прописать в отчетности?

В бухгалтерской отчетности (если она правильно велась) данная опала должна отражаться как задолженность перед персоналом. Соответственно выплаты  — это погашение этой задолженности.