Здравствуйте. На самом деле как суды, так и контролирующие органы придерживаются мнения о том, что изменение объекта в том числе и регистрация отдельно его частей не является основанием для отсчета срока владения новыми объектами недвижимости заново.
Например письмами Минфина России от 23.08.2012 N 03-04-05/7-993, от 23.08.2012 N 03-04-05/7-992, от 06.07.2012 N 03-04-05/7-853, от 26.06.2012 N 03-04-08/7-166 определяется, что в случае разделения недвижимого имущества без изменения внешних границ моментом возникновения права собственности на вновь созданные объекты нужно считать дату первоначальной регистрации прав собственности.
В своем Определении от 11 мая 2011 г. N 67-В11-2 Верховный суд РФ также пришел к этому же выводу:
Таким образом, факт регистрации заявителем объектов недвижимости, возникших после раздела единого нежилого помещения, не влечет прекращения права собственности Тубольцева О.И. на спорное имущество, являющееся частями нежилого помещения, право собственности на которое зарегистрировано в установленном законом порядке в 2004 году.
…
Между тем утверждения налоговой инспекции о том, что спорные объекты недвижимости являются вновь созданными, материалами дела не подтверждаются, основаны на переоценке имеющихся доказательств, не соответствуют положениям пункта 1 статьи 25 Федерального закона N 122-ФЗ, согласно которому право собственности на созданный объект недвижимого имущества регистрируется на основании документов, подтверждающих факт его создания.
Поэтому на мой взгляд, Вы платить НДФЛ не должны именно по вышеуказанной причине.
закон ухудшающий положение лица обратной силы не имеет, следовательно пятилетний срок устанавливается в отношении объектов недвижимости право на которые было зарегистрировано после даты вступления в силу ФЗ № 382-ФЗ от 29.11.2014г. (дата вступления в силу 01.01.2016г.)