Здравствуйте, Роман!
Работодатель может не выплачивать работнику (в том числе, директору) зарплату только в случае оформления отпуска без сохранения заработной платы. Такой отпуск оформляется исключительно на основании заявления работника. Отправлять сотрудников в отпуска без сохранения зарплаты по инициативе работодателя запрещено. Закон не устанавливает максимальную и минимальную продолжительность отпуска без содержания, такой отпуск можно оформить и на несколько часов, и на годы.
Вместе с тем, поскольку организация обязана представлять отчетность, в том числе бухгалтерскую, налоговую и т. п., длительный (например, на квартал или более) отпуск директора без сохранения зарплаты может отрицательно сказаться на деятельности организации. В таком случае необходимо решить, кто будет предоставлять периодическую отчетность в фонды, участвовать в плановых мероприятиях по государственному надзору, перечислять обязательные ежемесячные платежи и т. п.
Как вариант, чтобы минимизировать расходы на оплату труда, можно установить директору (с его письменного согласия) неполное рабочее время, заключив с ним дополнительное соглашение к трудовому договору (ст. 93 ТК РФ).
Источник: https://www.kdelo.ru/qa/125079-qqkss4-15-m10-mojno-li-izdat-prikaz-o-nenachislenii-zarabotnoy-platy-direktoru-v-kommercheskoy
Таким образом, лучше оформить отпуск задним числом.