Добрый день. Индивидуальные трудовые споры рассматриваются КТС (комиссиями по трудовым спорам) и судами, что прямо следует из положений ст. 382 Трудового кодекса РФ. Но в данном случае нет заключенного в письменном виде трудового договора, поэтому наличие трудовых отношений необходимо вначале установить. Обращение в государственную инспекцию труда в данном случае будет неэффективным, поскольку работник не сможет доказать им неправомерность расчетов работодателя. Хотя если целью Вашей будет привлечение работодателя к административной ответственности за уклонение от заключения трудового договора, то можете и в ГИТ жалобу направить.
Соответственно, пишите исковое заявление в районный суд, представляйте в суде доказательства трудоустройства и доказательства ошибочность расчетов работодателя. Если убедите суд в том, что Вы там работаете и работодатель расчет заработной платы осуществляет неверно, то суд присудит Вам деньги. Плюс можете взыскать компенсацию морального вреда.