Может ли жена бывшего сожителя жить в моем жилье, если он в нем прописан?

Если Вы собственник, боятся нечего. Гражданский брак не влечет возникновение прав на совместное имущество, даже если он вкладывал в вашу квартиру что-то. Вы можете его выписать в судебном порядке, как человека, который перестал быть членом семьи. При прописке  обязательно заявление собственника жилья на регистрацию в квартиру. 

ЖК ст. 31

4. В случае прекращения семейных отношений с собственником жилого помещения право пользования данным жилым помещением за бывшим членом семьи собственника этого жилого помещения не сохраняется, если иное не установлено соглашением между собственником и бывшим членом его семьи. Если у бывшего члена семьи собственника жилого помещения отсутствуют основания приобретения или осуществления права пользования иным жилым помещением, а также если имущественное положение бывшего члена семьи собственника жилого помещения и другие заслуживающие внимания обстоятельства не позволяют ему обеспечить себя иным жилым помещением, право пользования жилым помещением, принадлежащим указанному собственнику, может быть сохранено за бывшим членом его семьи на определенный срок на основании решения суда. При этом суд вправе обязать собственника жилого помещения обеспечить иным жилым помещением бывшего супруга и других членов его семьи, в пользу которых собственник исполняет алиментные обязательства, по их требованию.