Имеют ли право удерживать подоходный налог с компенсации за проезд?

Минфин в письме от 16 июля 2015г. N 03-11-06/1/40977 разъяснил следующее:

Статья 41 Кодекса определяет доход как экономическую выгоду в денежной или натуральной форме, учитываемую в случае возможности ее оценки и в той мере, в которой такую выгоду можно оценить, и определяемую для физических лиц в соответствии с главой 23 «Налог на доходы физических лиц» Кодекса.
Пунктом 1 статьи 210 Кодекса предусмотрено, что при определении налоговой базы учитываются все доходы налогоплательщика, полученные им как в денежной, так и в натуральной формах.
Согласно подпункту 1 пункта 2 статьи 211 Кодекса к доходам, полученным налогоплательщиком в натуральной форме, относится, в частности, оплата (полностью или частично) за него организациями товаров (работ, услуг) или имущественных прав, в том числе коммунальных услуг, питания, отдыха, обучения в интересах налогоплательщика.
Таким образом, по общему правилу, оплата организацией за физических лиц стоимости проезда от места жительства до места работы и обратно является их доходом, полученным в натуральной форме, подлежащим обложению налогом на доходы физических лиц в установленном порядке.

Аналогичная позиция выражена и в судебной практике (Определение ВС РФ от 7 декабря 2015г. N 8-КГ15-15).