В соответствии с письмом Минфина от 4 сентября 2017 г. N 03-04-05/56544, согласно подпункту 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса налогоплательщик при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц имеет право на получение имущественного налогового вычета, в частности, при продаже имущества, а также доли (долей) в нем.
В соответствии с подпунктом 1 пункта 2 статьи 220 Кодекса, устанавливающим особенности применения имущественного налогового вычета, предусмотренного подпунктом 1 пункта 1 статьи 220 Кодекса, имущественный налоговый вычет предоставляется в размере доходов, полученных налогоплательщиком в налоговом периоде от продажи, в частности, квартир или доли (долей) в них, находившихся в собственности налогоплательщика менее минимального предельного срока владения объектом недвижимого имущества, установленного в соответствии со статьей 217.1 Кодекса (для объектов недвижимого имущества, приобретенных до 01.01.2016 — находившихся в собственности менее трех лет), не превышающем в целом 1 000 000 рублей.
На основании подпункта 3 пункта 2 статьи 220 Кодекса при реализации имущества, находящегося в общей долевой собственности, соответствующий размер имущественного налогового вычета распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их долям.
Таким образом, в случае если предметом договора купли-продажи является квартира, находящаяся в общей долевой собственности нескольких лиц, сумма имущественного налогового вычета, установленного подпунктом 1 пункта 1 статьи 220Кодекса, распределяется между совладельцами этого имущества пропорционально их долям в праве собственности на указанную квартиру.
В случае, если предметом договора является продажа доли в праве собственности на квартиру как самостоятельного объекта купли-продажи, имущественный налоговый вычет предоставляется владельцу доли в сумме, не превышающей 1 000 000 рублей.
Сумма дохода, превышающая сумму примененного имущественного налогового вычета, подлежит налогообложению налогом на доходы физических лиц в общеустановленном порядке по ставке 13 процентов.
Так как предметом договора у Вас была квартира, находящаяся в общей долевой собственности, право на вычет распределяется между её совладельцами пропорционально их долям.
В тоже время, в отношении приобретенной квартиры при определении размера налоговой базы по налогу на доходы физических лиц налогоплательщик имеет право на получение имущественных налоговых вычетов в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, а также в сумме фактически произведенных налогоплательщиком расходов на погашение процентов по целевым займам (кредитам), фактически израсходованным на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилого дома, квартиры, комнаты или доли (долей) в них, предусмотренных подпунктами 3 и 4 пункта 1 статьи 220 Кодекса. Данный вычет предоставляется в размере до 2 млн. руб.
Таким образом, если продажа одной квартиры и приобретение другой с оформлением свидетельства о государственной регистрации права собственности на другую квартиру произведены в одном налоговом периоде, то налогоплательщик имеет право на получение одновременно имущественных налоговых вычетов, предусмотренных подпунктами 1, 3 и 4 пункта 1 статьи 220 Кодекса, с учетом особенностей установленных статьей 220 Кодекса.
Исходя из вышеизложенного, чтобы не платить НФДЛ в данном случае, Вы можете применить вычет при продаже квартиры, а на остальную сумму применить часть вычета на приобретение жилья.
