Как вернуть деньги из Сбербанка в данном случае?

Можно попробовать написать письменный запрос о результатах инкассации денежных средств в этот день. Если в банкомате остались лишние непроведенные купюры, то результаты инкассации должны были это зафиксировать.

В соответствии п. 10.2 Положения ЦБ РФ о порядке ведения кассовых операции и правилах хранения, перевозки и инкассации банкнот и монеты Банка России  в кредитных организациях на территории РФ от 24.04.2008 № 318-р  Программно-техническое средство должно обеспечивать возможность вывода на бумажный носитель информации о суммах наличных денег, фактически изъятых из программно-технического средства и загруженных в программно-техническое средство, соответственно при изъятии из программно-технического средства и загрузке в программно-техническое средство наличных денег.

П. 11.4 положения установлено следующее. 

Прием в кредитной организации, ВСП заведующим кассой, кассовым работником ВСП от инкассаторских, кассовых работников наличных денег, изъятых из банкомата, осуществляется по приходному кассовому ордеру 0402008.

Прием наличных денег, изъятых из банкомата, осуществляется полистным, поштучным пересчетом или сумками с наличными деньгами по прикрепленным к ним способом, определенным кредитной организацией в соответствии с технологией изъятия сумок с наличными деньгами из банкомата, распечаткам о сумме наличных денег, находившихся в банкомате на момент вскрытия, с проверкой целости сумок и пломб, наличия необходимых реквизитов на пломбах.
При выявлении излишка, недостачи при приеме полистным, поштучным пересчетом наличных денег, изъятых из банкомата, составляется акт пересчета в одном экземпляре.
Кредитная организация может при необходимости составлять дополнительные акты пересчета.

Если при инкассации были обнаружены лишние купюры, то должен был быть составлен акт.