Добрый вечер!
Уточните, какое у Вас воинское звание? Если Вы прапорщик, то право на участие в накопительной ипотечной системе (военная ипотека) у Вас наступает спустя несколько лет после начала службы. Поэтому выходит, что начальство могло обоснованно не принимать документы по вступлению в данную программу.
Если Вы офицер, то Вы имели право сразу после начала службы вступить в данную программу.
По поводу отклонения Вашим руководством документов могу сказать, что, если Вы сможете доказать, что какое-то время Вы подавали рапорта (например, регистрировали их в канцелярии, высылали заказными письмами с уведомлением о вручении и т.д.), то сможете выступить в суде по данному основанию.
Потратить или забрать накопления, если с момента вступления в программу военной ипотеки прошло менее 3 лет, Вы не можете. Также как и не могли бы на эти накопленные средства приобрести квартиру.