Добрый день, Ирина.
1. Вопрос не ясен. Вы пишите, что приобрели в долевую собственность квартиру. Значит доли уже выделили. Кому не выделили? Отцу детей?
2. При покупке квартиры выделение долей происходит путем указания долей в договоре купли-продажи.
При заключении договора участия в долевом строительстве возможно при оформлении собственности.
А у вас, если право собственности уже зарегистрировано «выделить» можно только подарив долю в квартире. Т.е. путем заключения договора дарения с последующей регистрации перехода права собственности в Росреестре.
Обоснование
Федеральный закон от 29.12.2006 N 256-ФЗ «О дополнительных мерах государственной поддержки семей, имеющих детей»
ст. 10
4. Жилое помещение, приобретенное (построенное, реконструированное) с использованием средств (части средств) материнского (семейного) капитала, оформляется в общую собственностьродителей, детей (в том числе первого, второго, третьего ребенка и последующих детей) с определением размера долей по соглашению.