Здравствуйте. Согласно ст.15 ФЗ от 27.05.1998 N 76-ФЗ (ред. от 01.07.2017, с изм. от 16.11.2017) «О статусе военнослужащих» военнослужащим — гражданам, проходящим военную службу по контракту, и совместно проживающим с ними членам их семей предоставляются не позднее трехмесячного срока со дня прибытия на новое место военной службы служебные жилые помещения по нормам и в порядке, которые предусмотрены федеральными законами и иными нормативными правовыми актами Российской Федерации. Служебные жилые помещения предоставляются в населенных пунктах, в которых располагаются воинские части, а при отсутствии возможности предоставить служебные жилые помещения в указанных населенных пунктах — в других близлежащих населенных пунктах. При этом военнослужащим — гражданам, имеющим трех и более детей, служебные жилые помещения предоставляются во внеочередном порядке.
Не имеет значения, как Вы зарегистрированы, временно или постоянно. У Вас нет жилого помещения в месте службы, значит Вам обязаны дать служебное жильё. Если начальству нужна постоянная регистрация, пусть регистрируют. Вы разве против. Сами-то то Вы где можете постоянно зарегистрироваться. Да это и не нужно.