Что делать, если работодатель не хочет оплачивать ученический отпуск?

Здравствуйте, Ольга.

Право на оплачиваемый отпуск имеют работники, которые получают образование соответствующего уровня впервые, по аккредитованным программам образования, при предъявлении справки-вызова.

Гарантии и компенсации работникам, совмещающим работу с получением образования, предоставляются при получении образования соответствующего уровня впервые. Указанные гарантии и компенсации также могут предоставляться работникам, уже имеющим профессиональное образование соответствующего уровня и направленным для получения образования работодателем в соответствии с трудовым договором или ученическим договором, заключенным между работником и работодателем в письменной форме.
К дополнительным отпускам, предусмотренным статьями 173 — 176 настоящего Кодекса, по соглашению работодателя и работника могут присоединяться ежегодные оплачиваемые отпуска.
Работнику, совмещающему работу с получением образования одновременно в двух организациях, осуществляющих образовательную деятельность, гарантии и компенсации предоставляются только в связи с получением образования в одной из этих организаций (по выбору работника).
Форма справки-вызова, дающей право на предоставление гарантий и компенсаций работникам, совмещающим работу с получением образования, утверждается федеральным органом исполнительной власти, осуществляющим функции по выработке государственной политики и нормативно-правовому регулированию в сфере образования.
ст. 177, «Трудовой кодекс Российской Федерации» от 30.12.2001 N 197-ФЗ (ред. от 29.07.2017) {КонсультантПлюс}

Учитывая, что вы

в магистратуре, заочно, после бакалавриата

ольга

такое образование вторым высшим не является, а значит, гарантии должны быть предоставлены.

8. Обучение по следующим образовательным программам высшего образования является получением второго или последующего высшего образования:
1) по программам бакалавриата или программам специалитета — лицами, имеющими диплом бакалавра, диплом специалиста или диплом магистра;
2) по программам магистратуры — лицами, имеющими диплом специалиста или диплом магистра;
3) по программам ординатуры или программам ассистентуры-стажировки — лицами, имеющими диплом об окончании ординатуры или диплом об окончании ассистентуры-стажировки;
4) по программам подготовки научно-педагогических кадров — лицами, имеющими диплом об окончании аспирантуры (адъюнктуры) или диплом кандидата наук.
ст. 69, Федеральный закон от 29.12.2012 N 273-ФЗ (ред. от 29.07.2017) «Об образовании в Российской Федерации» {КонсультантПлюс}

Различие в профилях не имеет значения для признания образования вторым образованием того же уровня.