Правомерен ли отказ в возмещении госпошлин за РВП и гражданство?

Здравствуйте, Владимир.

Читаем нормативный акт.

20. Участник Государственной программы и члены его семьи имеют право на получение государственных гарантий и социальной поддержки в зависимости от выбранной территории вселения, в том числе:
а) на компенсацию за счет средств федерального бюджета расходов на переезд к будущему месту проживания, включая оплату проезда и провоз личных вещей в соответствии с разделом VII Государственной программы;
б) на компенсацию за счет средств федерального бюджета расходов на уплату государственной пошлины за оформление документов, определяющих правовой статус переселенцев на территории Российской Федерации, а также на уплату консульского сбора и сбора в счет возмещения фактических расходов, связанных с оформлением визы и приемом заявления о выдаче разрешения на временное проживание;
в) на получение за счет средств федерального бюджета подъемных;
г) на получение за счет средств федерального бюджета ежемесячного пособия при отсутствии дохода от трудовой, предпринимательской и иной не запрещенной законодательством Российской Федерации деятельности в период до дня приобретения гражданства Российской Федерации (но не более чем в течение шести месяцев). Размер пособия определяется с учетом прожиточного минимума, установленного в соответствующем субъекте Российской Федерации. Пособие не выплачивается членам семьи участника Государственной программы, не достигшим возраста 18 лет, а также участнику Государственной программы и членам его семьи, имеющим в соответствии с законодательством Российской Федерации право на пенсионное обеспечение, либо представившим для получения пособия поддельные или подложные документы, либо сообщившим о себе заведомо ложные или недостоверные сведения.
21. Участнику Государственной программы и членам его семьи, переселяющимся на постоянное место жительства в Российскую Федерацию на территории приоритетного заселения, государственные гарантии и социальная поддержка, указанные в настоящем разделе, предоставляются в полном объеме.
22. Участнику Государственной программы и членам его семьи, переселяющимся на постоянное место жительства в Российскую Федерацию на территории, не относящиеся к территориям приоритетного заселения, предоставляются указанные в настоящем разделе государственные гарантии и социальная поддержка, за исключением ежемесячного пособия, выплачиваемого при отсутствии дохода от трудовой, предпринимательской и иной не запрещенной законодательством Российской Федерации деятельности.
Указ Президента РФ от 22.06.2006 N 637 (ред. от 07.12.2016) «О мерах по оказанию содействия добровольному переселению в Российскую Федерацию соотечественников, проживающих за рубежом» (вместе с «Государственной программой по оказанию содействия добровольному переселению в Российскую Федерацию соотечественников, проживающих за рубежом») {КонсультантПлюс}

3. Компенсация выплачивается участникам Государственной программы и членам их семей после получения разрешения на временное проживание или вида на жительство, приобретения гражданства Российской Федерации и получения паспорта гражданина Российской Федерации соответственно.
6. Решение о выплате компенсации принимается территориальным органом Министерства внутренних дел Российской Федерации по месту жительства либо по месту пребывания участника Государственной программы в течение 15 дней с даты подачи им заявления и прилагаемых к нему необходимых документов, оформленных надлежащим образом.
9. Территориальный орган Министерства внутренних дел Российской Федерации, осуществляющий выплату компенсации, вносит соответствующую запись в свидетельство участника Государственной программы, а также включает сведения о выплате компенсации в федеральный информационный ресурс (центральный банк данных).
Постановление Правительства РФ от 25.09.2008 N 715 (ред. от 15.06.2016) «Об утверждении Правил выплаты участникам Государственной программы по оказанию содействия добровольному переселению в Российскую Федерацию соотечественников, проживающих за рубежом, и членам их семей компенсации за счет средств федерального бюджета расходов на уплату государственной пошлины за оформление документов, определяющих правовой статус переселенцев на территории Российской Федерации» {КонсультантПлюс}

18. Участнику Государственной программы выдается свидетельство установленного Правительством Российской Федерации образца сроком на три года. По истечении срока действия свидетельства соотечественник утрачивает статус участника Государственной программы, а члены его семьи, указанные в свидетельстве, — статус членов семьи участника Государственной программы.
Указ Президента РФ от 22.06.2006 N 637 (ред. от 07.12.2016) «О мерах по оказанию содействия добровольному переселению в Российскую Федерацию соотечественников, проживающих за рубежом» (вместе с «Государственной программой по оказанию содействия добровольному переселению в Российскую Федерацию соотечественников, проживающих за рубежом») {КонсультантПлюс}

Таким образом, окончание срока действия свидетельства прекращает ваш статус участника программы  и это является основанием для отказа в выплате компенсации, даже если все остальные условия соблюдены.