Что делать, если отпуск оказался неоформленным?

Прогулы — это отсутствие на работе без уважительных причин. Вы же полагали , что находитесь в отпуске. Поэтому работодатель не вправе привлекать к ответственности. ст. 192-194 тк рф. К тому же был график отпусков, он в силу ст. 123 тк рф обязателен для работодателя, сменщик работал по графику . 

Поэтому в данной ситуации у Вас обязаны затребовать письменное объяснение, в нем стоит ссылаться на эти обстоятельства, что не знали, про неоформление отпуска, умысла на прогул не было. В случае спора придется обращаться в суд в сроки ст. 392 тк рф. Постарайтесь себе получить копию графика отпусков и смен (на случай, если придется обращаться в суд), копию своего заявления или др. документов (если это не возможно в суде можете просить суд их запросить по ст. 57 гпк рф).