Здравствуйте Федор.
Соответствующие порядки выдачи разрешений на строительство либо реконструкцию объектов капитального строительства, устанавливаются на местах.
В Вашем случае это:
АДМИНИСТРАЦИЯ МУНИЦИПАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ ГОРОД КРАСНОДАР
ПОСТАНОВЛЕНИЕ
от 6 июля 2012 года N 5636
ОБ УТВЕРЖДЕНИИ АДМИНИСТРАТИВНОГО РЕГЛАМЕНТА ПРЕДОСТАВЛЕНИЯ АДМИНИСТРАЦИЕЙ МУНИЦИПАЛЬНОГО ОБРАЗОВАНИЯ ГОРОД КРАСНОДАР МУНИЦИПАЛЬНОЙ УСЛУГИ «ВЫДАЧА РАЗРЕШЕНИЙ НА СТРОИТЕЛЬСТВО, РЕКОНСТРУКЦИЮ ОБЪЕКТОВ КАПИТАЛЬНОГО СТРОИТЕЛЬСТВА»
http://docs.cntd.ru/document/4...
Между тем, Градостроительным законодательством РФ, предусмотрены случаи, при которых разрешение на реконструкцию не требуется.
Статья 51 Градостроительного кодекса РФ:
17. Выдача разрешения на строительство не требуется в случае:
4) изменения объектов капитального строительства и (или) их частей, если такие изменения не затрагивают конструктивные и другие характеристики их надежности и безопасности и не превышают предельные параметры разрешенного строительства, реконструкции, установленные градостроительным регламентом;
В соответствии со статьей 38 Градостроительного кодекса РФ:
1. Предельные (минимальные и (или) максимальные) размеры земельных участков и предельные параметры разрешенного строительства, реконструкции объектов капитального строительства включают в себя:
1) предельные (минимальные и (или) максимальные) размеры земельных участков, в том числе их площадь;2) минимальные отступы от границ земельных участков в целях определения мест допустимого размещения зданий, строений, сооружений, за пределами которых запрещено строительство зданий, строений, сооружений;
Следовательно, если Ваш случай именно такой и произведенные изменения путем реконструкции не затрагивают конструктивные и другие характеристики надежности и безопасности объекта капитального строительства, а также при этом не превышают предельные параметры земельного участка, на котором разрешено строительство, отказ в регистрации права Вы обжаловать в судебном порядке.
По градостроительному плану здание как в старом варианте, так и в новом выходит за пятно застройки.
В таком случае параметры не были соблюдены, что возможно исключить положительных исход дела и в судебном порядке, т.к. согласно статье 222 Гражданского кодекса РФ:
Думаю, необходимо привести постройку в соответствие с допустимыми параметрами если это конечно возможно, иначе узаконить ее не получится в судебном порядке.