Как составить документ о взаимозачете за выполняемую работу?

К указанному Вами договору подряда необходимо заключить дополнительное соглашение, которым изменить порядок расчетов по договору. Но на данную сделку очень плохо смотрит налоговая инспекция.

В Вашем случае лучше всего сделать отдельный договор купли-продажи древесины. А после его подписания воспользоваться ст. 410 Гражданского кодекса РФ: 

Статья 410. Прекращение обязательства зачетом

Обязательство прекращается полностью или частично зачетом встречного однородного требования, срок которого наступил либо срок которого не указан или определен моментом востребования. В случаях, предусмотренных законом, допускается зачет встречного однородного требования, срок которого не наступил. Для зачета достаточно заявления одной стороны.

Вы пишете заявление о прекращении обязательства по договору купли-продажи древесины зачетом встречного обязательства по договору подряда. А Заказчик своим письмом соглашается на прекращение обязательства зачетом. 

Если необходимо — могу составить такое письмо.

Николай Васильевич, добрый день. Вам необходимо составить дополнительное соглашение к заключенному договору. С удовольствием помогу, обращайтесь в личные сообщения.

С уважением, Марина Кондратьева. 

Всегда рада помочь, обращайтесь.

Добрый день. для взаимозачета вам необходимо составить к договору подряда  дополнительное соглашение, которым  внести  изменения в порядок оплаты. 

например такое. 

Стоимость очистки за 1 га составляет… тысяч рублей. 

Оплата между заказчиком и подрядчиком может производится  путем встречного предоставления в счет оплаты выполненных работ необработанной древесины (или укажите как будет называется то что вы забираете)  из расчета  ____ куб. метров за га. 

Вместе с тем посоветуйтесь с бухгалтером  поскольку организация заказчик выступает за вас налоговым агентом (если Вы ФЛ). оплата является вашим доходом с которого нужно платить налог. и соответственно их расходом. А они ничего не расходуют и продукцией  которую они не приобретают и не производят фактически оплачивают Вам расходы. Это будет затруднительно в налоговом оформлении. в любом случае как это провести Вам подскажет бухгалтер. 

Если Вы хотите допом забрать древесину к оплате то просто можете указать что вывозите спиленную древесину самостоятельно, предупредив заказчика что заберете себе. 

Либо если вопрос зачета стоимость работ  путем частичной оплаты спиленной древесинной заказчик готов словесно решить, то  определить сколько древесины вы заберете и сколько она стоит с заказчиком,  Заключите доп соглашение к договору, в котором уменьшите стоимость работ и укажите что  вся спиленная древесина переходит к Вам в собственность.