Может ли ИП на ЕНВД получать деньги от юр лица, если занимается перевозкой пассажиров?

Да можно

Обоснование: Применение системы налогообложения в виде уплаты ЕНВД при ведении определенного вида предпринимательской деятельности — это право налогоплательщика, которым можно воспользоваться при условии, что местными властями предусмотрено использование указанного льготного налогового режима в отношении конкретного вида деятельности. В свою очередь, на местах единый налог вводится в пределах перечня, приведенного в п. 2 ст. 346.26 НК РФ. В этом перечне среди прочего числится деятельность, связанная с оказанием автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов, осуществляемых организациями и индивидуальными предпринимателями, имеющими на праве собственности или ином праве (пользования, владения и (или) распоряжения) не более 20 транспортных средств, предназначенных для оказания таких услуг (пп. 5).

Из пункта 2.1 ст. 346.26 НК РФ следует, что в отношении указанного вида деятельности по оказанию автотранспортных услуг «вмененную» систему налогообложения использовать нельзя, если эта деятельность ведется в рамках договора простого товарищества (договора о совместной деятельности) и (или) налогоплательщиком, отнесенным к категории крупнейших. Кроме того, на уплату ЕНВД не вправе перейти лица, средняя численность работников которых превышает 100 человек, и организации с долей участия других юридических лиц более 25% (пп. 1, 2 п. 2.2 ст. 346.26 НК РФ).

Как видим, такого ограничения для применения системы налогообложения в виде уплаты ЕНВД, как безналичные расчеты в отношении деятельности, связанной с оказанием автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов, Налоговым кодексом не установлено. Поэтому тот факт, что заказчики оказываемые им услуги оплачивают в безналичном порядке (путем перечисления денежных средств на расчетный счет транспортной компании), не может стать препятствием для уплаты ЕНВД. Подтверждение тому можно найти у финансистов.

Позиция Минфина  от 05.07.2012 N 03-11-06/3/45

Возможность применения организацией или индивидуальным предпринимателем спецрежима в виде уплаты ЕНВД для отдельных видов деятельности при оказании автотранспортных услуг по перевозке пассажиров и грузов не зависит от формы оплаты услуг (наличный или безналичный расчет с физическими или юридическими лицами)

от 20.09.2010 N 03-11-11/248

Нормами гл. 26.3 НК РФ не предусмотрено каких-либо ограничений в отношении форм расчетов за оказанные услуги по перевозке пассажиров и грузов. Расчеты могут производиться как в наличной, так и в безналичной форме