Сергей, добрый день.
выявлены внутренними контролирующими органами компании, генеральным и коммерческим директором, грубое нарушение дисциплины.
В зависимости от того, что было раньше, надо делать по закону и не смешивать нарушение трудовой дисциплины и лишении премии. Как, когда и кем выявлены нарушения. Надо исходить из ст. 193 ТК РФ:
До применения дисциплинарного взыскания работодатель должен затребовать отработника письменное объяснение. Если по истечении двух рабочих дней указанное объяснение работником не предоставлено, то составляется соответствующий акт.
Непредоставление работником объяснения не является препятствием для применения дисциплинарного взыскания.
Дисциплинарное взыскание применяется не позднее одного месяца со дня обнаружения проступка, не считая времени болезни работника, пребывания его в отпуске, а также времени, необходимого на учет мнения представительного органа работников.
Дисциплинарное взыскание не может быть применено позднее шести месяцев со дня совершения проступка, а по результатам ревизии, проверки финансово-хозяйственной деятельности или аудиторской проверки — позднее двух лет со дня его совершения. В указанные сроки не включается время производства по уголовному делу.
За каждый дисциплинарный проступок может быть применено только одно дисциплинарное взыскание.
Приказ (распоряжение) работодателя о применении дисциплинарного взыскания объявляется работнику под роспись в течение трех рабочих дней со дня его издания, не считая времени отсутствия работника на работе. Если работник отказывается ознакомиться с указанным приказом (распоряжением) под роспись, то составляется соответствующий акт.
Дисциплинарное взыскание может быть обжаловано работником в государственную инспекцию труда и (или) органы по рассмотрению индивидуальных трудовых споров.
Далее, согласно ст. 152 ТК РФ:
Сверхурочная работа оплачивается за первые два часа работы не менее чем в полуторном размере, за последующие часы — не менее чем в двойном размере. Конкретные размеры оплаты за сверхурочную работу могут определяться коллективным договором, локальным нормативным актом или трудовым договором. По желанию работника сверхурочная работа вместо повышенной оплаты может компенсироваться предоставлением дополнительного времени отдыха, но не менее времени, отработанного сверхурочно.
Работа, произведенная сверх нормы рабочего времени в выходные и нерабочие праздничные дни и оплаченная в повышенном размере либо компенсированная предоставлением другого дня отдыха в соответствии со статьей 153 настоящего Кодекса, не учитывается при определении продолжительности сверхурочной работы, подлежащей оплате в повышенном размере в соответствии с частью первой настоящей статьи.
Таким образом, вам сначала должны были начислить суммы за переработки, а нарушениями уже потом разбираться.