Должны ли выплатить компенсацию или вообще комиссовать за болезнь?

Павел, компенсацию за заболевание, полученное в период военной службы не выплачивается. На вопрос о том, должны комиссовать или нет, смотрите заключение ВВК: 

— годен с незначительными ограничениями — служите и радутесь

— ограниченно годен ( все зависит от звания: рядовой состав, прапорщики — увольнение по состоянию здоровья, офицерский состав — имеет право выбора, либо продолжает служить, либо увольняют по состоянию здоровья)

— не годен — однозначно увольнение по состоянию здоровья.

С уважением.

ст.3 Федерального закона от 07.11.2011 N 306-ФЗ (ред. от 18.07.2017) «О денежном довольствии военнослужащих и предоставлении им отдельных выплат» предусматривает:

12. При увольнении военнослужащего с военной службы или отчислении с военных сборов гражданина, призванного на военные сборы, в связи с признанием его не годным к военной службе вследствие военной травмы ему выплачивается единовременное пособие в размере:
1) 2 000 000 рублей — военнослужащему, проходящему военную службу по контракту;
2) 1 000 000 рублей — военнослужащему, проходящему военную службу по призыву, или гражданину, призванному на военные сборы.

13. При установлении военнослужащему или гражданину, призванному на военные сборы, в период прохождения военной службы (военных сборов) либо после увольнения с военной службы (отчисления с военных сборов или окончания военных сборов) инвалидности вследствие военной травмы ему выплачивается ежемесячная денежная компенсация в возмещение вреда, причиненного его здоровью, в размере:
1) 14 000 рублей — инвалиду I группы;
2) 7 000 рублей — инвалиду II группы;
3) 2 800 рублей — инвалиду III группы.

Вам надо обратиться в госпиталь для получения заключения врача