Николай, все зависит от того, какие это разногласия и как они влияют на исполнение договора. И что указано в договоре в отношении взаимодействия сторон.
На практике в письменной форме согласовывают все вопросы — направляют уведомления, письма. Ситуации индивидуальны.
Но учитывайте, что в случае неисполнения вторая сторона может предъявить претензии, и тогда необходимо будет доказать, что это существенное условие, и оно не было согласовано. Или платить неустойку.
Не зная, о каких «технологических разногласиях» идет речь, ничего конкретного посоветовать невозможно. Более точные рекомендации можно дать только после изучения ситуации и договора.