Согласно п. 4 Постановления Правительства РФ от 06.02.2010 N 63 «Об утверждении Инструкции о порядке допуска должностных лиц и граждан Российской Федерации к государственной тайне» вторая форма допуска означает, что гражданин имеет допуск к совершенно секретным сведениям.
В соответствии с п. 1 ст. 15 Федерального закона от 15.08.1996 N 114-ФЗ «О порядке выезда из Российской Федерации и въезда в Российскую Федерацию», право гражданина Российской Федерации на выезд из Российской Федерации может быть временно ограничено в случаях, если он при допуске к сведениям особой важности или совершенно секретным сведениям, отнесенным к государственной тайне в соответствии с «законом» Российской Федерации о государственной тайне, заключил трудовой договор (контракт), предполагающий временное ограничение права на выезд из Российской Федерации, при условии, что срок ограничения не может превышать пять лет со дня последнего ознакомления лица со сведениями особой важности или совершенно секретными сведениями, — до истечения срока ограничения, установленного трудовым договором (контрактом) или в соответствии с настоящим Федеральным законом.
Видимо, у вас в трудовом договоре установлен именно этот срок, 5 лет. Поэтому ответ на ваш вопрос, нет, вы не сможете до истечения срока вернуть паспорт и уехать за границу.
Возможно ли по решению директора предприятия сократить срок, или обращаться в межведомственную комиссию при МИД?
Директор предприятия своим решением не сможет сократить срок. Срок установлен в трудовом договоре, вы ознакомлены с ним до того, как были допущены к сведениям.