Здравствуйте.
Странно, почему органы ФМС сами не сняли с учета гражданина, который умер — им в порядке внутреннего взаимодействий должны были поступить из ЗАГСа сведения о его смерти, что является основанием для снятия с регистрационного учета. Вы можете сами получить сведения о смерти, предоставить их в «паспортный стол» и снять этого гражданина с учета в своей квартире.
Что касается второго — вам нужно подать иск в суд по последнему известному вам его месту жительства, это может быть и ваша квартира. Суд рассмотрит дело в отсутствие ответчика, вынесет решение, на его основании гражданина снимут с рег. учета. Если вам нужно содействие в составлении искового заявления, обращайтесь в чат.