Как оформить увольнение, если мне не выдали второй экземпляр трудового договора?

Здравствуйте, это не ваша ошибка, а нарушение работодателем трудового законодательства

ТК РФ, Статья 67. Форма трудового договор

Трудовой договор заключается в письменной форме, составляется в двух экземплярах, каждый из которых подписывается сторонами. Один экземпляр трудового договора передается работнику, другой хранится у работодателя. Получение работником экземпляра трудового договора должно подтверждаться подписью работника на экземпляре трудового договора, хранящемся у работодателя

разумеется вы вправе потребовать один экземпляр трудового договора

ТК РФ, Статья 62. Выдача документов, связанных с работой, и их копий

По письменному заявлению работника работодатель обязан не позднее трех рабочих дней со дня подачи этого заявления выдать работнику трудовую книжку в целях его обязательного социального страхования (обеспечения), копии документов, связанных с работой (копии приказа о приеме на работу, приказов о переводах на другую работу, приказа об увольнении с работы; выписки из трудовой книжки; справки о заработной плате, о начисленных и фактически уплаченных страховых взносах на обязательное пенсионное страхование, о периоде работы у данного работодателя и другое). Копии документов, связанных с работой, должны быть заверены надлежащим образом и предоставляться работнику безвозмездно.

Кроме того, Вы не должны возмещать либо оплачивать медицинскую книжку. Финансовое обеспечение медицинского осмотра согласно трудовому законодательству является задачей работодателя в полном объеме. Это регламентировано статьей 212 Трудового Кодекса РФ. Неисполнение данной нормы закона может навлечь на директора организации серьезные штрафные санкции размером до ста тридцати тысяч рублей для юридического лица, а для индивидуального предпринимателя до двадцати пяти тысяч рублей.

Залог за форму тоже не факт, что нужно возмещать — работодатель обеспечивает униформой за свой счет, но тут нужно смотреть документы компании.