Роман, добрый вечер.
А Вы рапорт на заключение нового контракта подавали?
В силу Положения о порядке прохождения военной службы
ст. 9
9. Для заключения нового контракта военнослужащий, у которого заканчивается срок действующего контракта, не менее чем за четыре месяца до истечения его срока подает по команде рапорт должностному лицу, которое вправе заключать с ним новый контракт.
Рапорт военнослужащего регистрируется в установленном порядке. Контроль за своевременной подачей рапортов осуществляет соответствующий кадровый орган или орган комплектования воинской части.
Если такого рода рапорт Вами не был подан — то увольнение законно. Поскольку
11. Военнослужащий, проходящий военную службу по контракту, не подавший по команде рапорт о заключении с ним нового контракта в срок, установленный пунктом 9 настоящей статьи, представляется к увольнению с военной службы.