Анна, здравствуйте.
Прежде, чем взыскивать недостачу с работника, необходимо проверить, что с этим работником заключен договор о полной материальной ответственности, его должность входит в категорию, по которой эта ответственность предусмотрена, и его вина доказана. После чего необходимо взять с работника расписку-объяснение, по какой причине образовалась недостача.
Факт недостачи также должен быть подтвержден результатами инвентаризации, на которой присутствовало предполагаемое виновное лицо.
Изъятия из зарплаты без согласия виновного лица незаконны. Нужно или получить согласие от работника на компенсацию из его зарплаты (но при условии, что сумма компенсации не превышает его среднемесячного заработка), или действовать через суд.
Сумма для взыскания определяется исходя из рыночной стоимости товара в данной местности на день определения недостачи, но не ниже себестоимости с учетом транспортно-заготовительных расходов. Взыскивать торговую наценку нельзя.