Здравствуйте, Алексей. Исходя из вашей информации вы получали разные налоговые вычеты.
В первом случае это даже не вычет
согласно п.п.2 п.2 ст. 220 НК РФ
2) вместо получения имущественного налогового вычета в соответствии с подпунктом 1 настоящего пункта налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества.
Уменьшать доходы на сумму понесенных расходов можно сколько угодно раз.
Поэтому говорить о получении вычета дважды совершенно некорректно.
Вычет предусмотренный п.п. 3 п.1 ст. 220 НК РФ:
3) имущественный налоговый вычет в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них;
Действительно предоставляется только один раз. и если вы ранее его не заявляли то не вижу никаких причин для претензий к вам.