В Вашем случае — ничего не платите. Более того, можете сами обратиться в районный (городской) суд о взыскании того, что работодатель с Вас вычел из зарплаты, либо о признании приказа недействительным, либо о признании результатов инвентаризации недействительными полностью или в части. Также Вы можете возвратить себе судебные издержки и взыскать моральный вред. Но это уже после того, как работодатель, возможно, уволит Вас за причинение ему материального ущерба. При таком развитии ситуации факт неоформления является не существенным. Трудовой договор считается заключенным с момента фактического допуска к работе.