По общему правилу, право на вычет НДС зависит от того, на сколько правильно оформлен счет-фактура (ст. 169 НК РФ). Вы правы в том, что большинство налоговиков придерживаются мнения о том, что факсимиле использовать нельзя. Якобы это свидетельствует о том, что услуги в действительности не оказывались.
Но вот суды сейчас считают иначе. Например, Тринадцатый арбитражный апелляционный суд в постановлении от 01.06.15 № 13АП-7504/2015 высказал следующее мнение. Ни налоговое, ни бухгалтерское законодательство не содержат норм, устанавливающих допустимые способы подписания счетов-фактур. А существующие правила не запрещают руководителю подписывать бумаги путем проставления факсимиле. Факт наличия факсимильной подписи в документах сам по себе, без доказательства необоснованности налоговой выгоды, не является основанием для отказа в вычете.
Но учтите, что такие выводы суд сделал с учетом того, что у организации с ее контрагентом было заключено соглашение о факсимиле. Без такого внутреннего документа шансы защитить право на вычет налога снижается в разы.
Можете также оформить с контрагентом такое соглашение. В нем сделайте ссылку
на договор, в рамках которого будут действовать договоренности о факсимиле.
Плюс укажите пункт 2 статьи 160 ГК РФ. Эта норма разрешает использовать
при совершении сделок факсимильное воспроизведение подписи с помощью средств механического копирования, электронной цифровой подписи или иного аналога собственноручной подписи в порядке, предусмотренном, в том числе, соглашением сторон.
Главное, чтобы в целом по сделке не было признаков получения необоснованной налоговой выгоды. Практика показывает, что в решениях, где компаниям не удалось отстоять вычет НДС по счету-фактуре, подписанному факсимиле, решающую роль сыграл не способ подписания документа, а иные признаки нереальность сделки — постановление Тринадцатого арбитражного апелляционного суда от 01.06.15 № 13АП-7504/2015.