Всё зависит от того, когда заключён первый контракт.
Если после 1 января 1998 года — да, вы вправе избрать место жительства, получить там квартиру и продолжать военную службу.
Если до 1 января 1998 года, то военнослужащий обеспечивается жилым помещением именно по избранному месту жительства (то есть, отличного от места службы) только при увольнении. На практике — в текущем году.
Могут быть исключения:
1. Например, военнослужащий подлежит увольнению по достижению предельного возраста в текущем году. Подал документы, признан нуждающимся, получил квартиру. Однако потом решил подать рапорт на заключение нового контракта сверх предельного возраста. Наличие квартиры этому не препятствует. Рапорт удовлетворён. Военнослужащий продолжает проходить военную службу и имеет жильё по избранному месту жительства.
2. Военнослужащий признан ограниченно годным к военной службе, и имеет должность, штатами по которой предусмотрено воинское звание старшина и выше (прапорщик, офицер). Право на увольнение зависит от воли военнослужащего (в отличие от признания не годным). По той же схеме — получил жильё, потом отказался от своего права на увольнение по состоянию здоровья, продолжил службу.
Варианты редкие, к тому же иногда не безопасные, если военнослужащий желает продолжить военную службу.