Здравствуйте. Для совершения любый действий с квартирой вам первоначально надо определить доли в общей совместной собственности и зарегистрировать право общей долевой собственности Ваше имя и на имя супруга.
Каких-либо запретов на приобретение доли в праве общей долевой собственности не установлено, но дословно в законе указано, что средства могут быть направлены на приобретение жилого помещения (а в вашем случае, они будут направлены на приобретение доли) и возможно будет очень тяжело общаться с госорганами и доказывать, что в резульате сделки вы приобретаете целое жилое помещение.
Также я хочу обратить ваше внимание на то, что все сделки, связанные с приобретением (отчуждением) долей подлежат нотариальному удостоверению. Вам более целесообразно обратиться к любому нотариусу, который Вас проконсультирует готов или нет он удостоверить сделку, где будет приобретаться доля в праве общей долевой собственности с использованием средств материнского капитала.