По завершению работ по контракту выяснилось, что у заказчика нет договора с технадзором

При составлении сметы,как выяснилось в ходе работ, были допущены ошибки.К работе подрядчик приступил 02.06.2016 В процессе работы по замене кровли на здании , специалист тех надзора был доволен ходом работ.Примерно через 25 дней он был уволен и на объект пришел другой специалист, которому не понравилось выполнение работы, но при этом письменно ни каких претензий не было.Работы были выполнены в срок предусмотренный в контракте и заказчик подписал письмо о окончании работ,кс2,кс3.Уже 20 дней после окончания работ не принимают работы так как в усной форме тех надзор утверждает, что работы выполнены не так, при этом требуя работы не по смете.Только сейчас когда прошло 20 дней заказчик будет заключать договор.Каким образом мы можем доказать правильность выполнения?.Cколько мы будем ждать свои деньги?