Здравствуйте, Аня! В данной ситуации Вы имеете право либо воспользоваться имущественным налоговым вычетом в размере 1 млн. руб. (т.е. НДФЛ будет облагаться сумма, превышающая 1 млн. руб., т.е. в данном случае 2 млн. — 1 млн. = 1 млн. руб.), либо уменьшить сумму Вашего облагаемого НДФЛ дохода на сумму произведенных Вами и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением данного имущества (т.е., проще говоря, можете вычесть ту сумму, за которую Вы этот дом купили, а разница или, проще говоря, «навар» будет облагаться НДФЛ).
Что же касается подтверждения передачи денег, то либо пишется расписка, либо на передачу денег указывается в самом договоре (в этом случае указывается, что договор имеет также силу документа, подтверждающего передачу денег), либо деньги перечисляются на банковский счет, и подтверждением оплаты является банковская выписка. Как сторонам удобно, такой вариант они и выбирают.
С уважением, А.Д.Руслин.