Здравствуйте, Антон.
В целях минимизации рисков со стороны налоговой рекомендую реализовывать здание по рыночной цене. Просто обратитесь к оценщику и договоритесь о том, чтобы тот указал адекватную цену (но не сильно ниже рыночной).
При этом если сделка купли-продажи здания для ООО является крупной, то необходимо ее одобрение.
Например, 29.03.2016 ВС РФ (судьей Т.В. Завьяловой, которая рассматривала и обсуждаемое здесь дело ООО «Ставгазоборудование») было отказано в пересмотре дела N А40-193578/2014 компании «Митрикс Лимитед». В этом деле судами установлено, что недвижимое имущество (помещения) в комплексе Москва-Сити было перепродано по цене в 30 раз ниже его рыночной стоимости (и цены приобретения), а реализация осуществлялась в адрес физических лиц. В такой ситуации суды усмотрели попытку общества уйти от налогообложения сделок по передаче имущества конечным бенефициарам — физическим лицам, и поддержали выводы инспекции.
Статья: Судебная коллегия по экономическим спорам Верховного Суда Российской Федерации разрешила проблему ценового контроля в неконтролируемых сделках
(Семенов С., Артюх А.)
При этом организация может быть ликвидирована по решению ее учредителей/участников (п. 2 ст. 61 ГК РФ). Имущество, оставшееся после удовлетворения требований кредиторов, должно быть передано собственникам организации, имеющим на это право (п. 8 ст. 63 ГК РФ, п. 1 ст. 8 Закона N 14-ФЗ, п. 1 ст. 23 Закона N 208-ФЗ).
В данном случае соответственно не возникнет вопросов с налогами.
С уважением.