Екатерина, здравствуйте!
Регистрацией некоммерческих организаций в Минюсте я занимаюсь более 9 лет (ранее НКО регистрировались в ФРС), но такая позиция сотрудников встречается крайне редко. Обычно они приглашают на встречу, отмечают неточности, и спокойно принимают отредактированные документы без уплаты дополнительной пошлины.
При этом в Вашем случае сотрудники, с точки зрения закона и инструкций, ведут себя правильно. Специалисты при приёме документов проверяют их комплектность. Если они будут вычитывать уставы, нужно на приём одного человека тратить день, что невозможно.
Если Вы напишите отзыв, но ошибки так и не найдёте. Опять же, по практике, даже устав, подготовленный профессиональным юристом-регистратором, сотрудники часто не пропускают. Находят субъективные неточности. Можно спорить и дойти до руководства, но проще (если замечания не влияют на основные моменты) исправить и донести.
Вариантов 2.
1) Взять отказ и надеяться, что там будут указаны все ошибки. Заплатить ещё раз госпошлину, переделать документы. И надеяться, что новых ошибок найдено не будет. Исключить этого нельзя, т.к. документы могут попасть к другому инспектору, у которого иное видение ситуации.
2) Сделать отзыв и заказать у юриста проверку документов. Но гарантии, что они будут приняты с 1 раза, также нет.
Однозначный совет дать сложно. Попробуйте ещё раз поговорить с инспектором, чтобы указал на ошибки, а Вы донесли исправленные документы (это возможно, если ошибки незначительные и их немного).