Добрый день.
Время, включаемое в стаж
В стаж, дающий право на основной оплачиваемый отпуск, входит:
время фактической работы;
время, когда сотрудник фактически не работал, но за ним в соответствии с законодательством сохранялось место работы (болезнь, ежегодный оплачиваемый отпуск, праздничные дни, медосмотр, отпуск по беременности и родам и т. д.);
время вынужденного прогула при незаконном увольнении или отстранении от работы и последующем восстановлении на прежней работе;
время отстранения от работы сотрудника, не прошедшего медосмотр не по своей вине;
время предоставляемых по просьбе сотрудника отпусков без сохранения зарплаты, не превышающее 14 календарных дней в рабочем году;
другие периоды времени, предусмотренные трудовым (коллективным) договором или локальным актом организации.
Об этом сказано в статье 121 Трудового кодекса РФ.
Время, исключаемое из стажа
В стаж, дающий право на основной отпуск, не входит:
время отсутствия сотрудника на работе без уважительных причин (в т. ч. в случаях, предусмотренных ст. 76 ТК РФ);
время отпусков по уходу за ребенком до достижения им трех лет;
время отпусков без сохранения зарплаты, превышающее 14 календарных дней в рабочем году.
Об этом говорится в статье 121 Трудового кодекса РФ.
Получается, что в вашем случае работодатель прав.
Желаю удачи.