Доброго времени суток!
Согласно ст. 217 НК РФ доходы от продажи имущества, находящегося в собственности более 3-х лет освобождены от налогообложение НДФЛ. Исключение составляют случаи, если недвижимое имущество использовалось в предпринимательской деятельности. В этом случае срок 3 года ( с 2016 года- 5 лет) не распространяется и доходы будут подлежать налогообложению по ставке, согласно Вашей системы налогообложения (в данном случае- ЕСХН).
Даже если по факту земельный участок не использовался в деятельности ИП, Ваш налоговый орган всё равно может потребовать от Вас пояснения по данному поводу. Т.е. факт неиспользования нужно будет доказать. Одним из возможных аргументов, которые можно будет указать в пояснении- тот факт, что заявленный Вами ОКВЭД не связан каким-либо образом с недвижимостью, земельными участками.
Он приобрел как физическое лицо и продал как физическое лицо Главе крестьянско фермерскому хозяйству за 2000000
Не могли бы вы указать назначение участка, использовался ли он в предпринимательской деятельности?