Лизавета, добрый день!
Согласно ст. 220 Налогового кодекса
При продаже доли (ее части) в уставном капитале общества, при выходе из состава участников общества, при передаче средств (имущества) участнику общества в случае ликвидации общества, при уменьшении номинальной стоимости доли в уставном капитале общества, при уступке прав требования по договору участия в долевом строительстве (по договору инвестирования долевого строительства или по другому договору, связанному с долевым строительством) налогоплательщик вправе уменьшить сумму своих облагаемых налогом доходов на сумму фактически произведенных им и документально подтвержденных расходов, связанных с приобретением этого имущества (имущественных прав).
Вместе с тем, согласно ст. 11 Федерального закона от 30.12.2004 N 214-ФЗ
«Об участии в долевом строительстве многоквартирных домов и иных объектов недвижимости и о внесении изменений в некоторые законодательные акты Российской Федерации»
Уступка участником долевого строительства прав требований по договору допускается с момента государственной регистрации договора до момента подписания сторонами передаточного акта или иного документа о передаче объекта долевого строительства.
Таким образом если продажа будет до подписания вами передаточного акта, это будет переуступка прав требований, если после то продажа квартиры, но для нее нужно будет зарегистрировать право собственности.
И в том и в другом случае ст. 220 позволяет уменьшить налогооблагаемую базу для НДФЛ (доход, т.е. всю сумму, полученную от продажи) на фактически понесенные расходы на приобретение данного имущества (либо прав на него если речь о переуступке).
В вашем случае, как отметили коллеги, это будет 4 млн. за которые продается квартира минут три млн. затрат на ее приобретение. В итоге налог нужно будет уплатить с 1 млн. (13%=130 тыс. налога.
В случае если в том же периоде будет приобретена другая квартира и ранее не использовалось право на вчет, предусмотренное ч. 1 ст. 220 НК
При определении размера налоговой базы в соответствии с пунктом 3 статьи 210 настоящего Кодекса налогоплательщик имеет право на получение следующих имущественных налоговых вычетов, предоставляемых с учетом особенностей и в порядке, которые предусмотрены настоящей статьей:
имущественный налоговый вычет в размере фактически произведенных налогоплательщиком расходов на новое строительство либо приобретение на территории Российской Федерации жилых домов, квартир, комнат или доли (долей) в них, приобретение земельных участков или доли (долей) в них, предоставленных для индивидуального жилищного строительства, и земельных участков или доли (долей) в них, на которых расположены приобретаемые жилые дома или доля (доли) в них;
При сдаче до 30.04.2017 (если все сделки пройдут в 2016) 3-НДФЛ отразив в ней указанные операции будете иметь право на возврат фактически уплаченных в 2016 году налогов в сумме не более 130 тыс. (260 тыс. — вычет на покупку минус 130 тыс. подлежащих оплате при продаже квартиры за 4 млн.)