Добрый день! Согласно п. 7, ст. 70 44-ФЗ:
7. В течение трех рабочих дней с даты размещения
в единой информационной системе проекта контракта, подписанного
усиленной электронной подписью лица, имеющего право действовать от имени победителя электронного аукциона, и предоставления таким победителем обеспечения исполнения контракта заказчик обязан разместить контракт, подписанный усиленной электронной подписью лица, имеющего право действовать от имени заказчика, в единой информационной системе.
Следовательно протокол разногласий отправить участнику не представляется возможным. Однако, возможно площадка на которой заключается контракт, предусматривает возможность отзыва подписанного документа, и если позволяют сроки и интерфейс площадки, попросите участника Вам направить протокол разногласий с измененными данными.