Добрый день, уважаемый Иван Александрович.
Порядок расчет среднего заработка для оплаты в том числе времени нахождения в командировке предусмотрен Положением об особенностях порядка исчисления средней заработной платы, утв. постановлением Правительства РФ от 24.12.2007 N 922.
Согласно подп. «н» п. 2 данного Положения для расчета среднего заработка учитываются премии и вознаграждения, предусмотренные системой оплаты труда.
Следовательно, для исключения единовременной премии по итогам года из расчета среднего заработка необходимо исключить этот вид стимулирующей выплаты из системы оплаты труда.