Помимо того, что сказал мой коллега примите к сведению, что прощение долга в отношении ООО создает у него прибыль на сумму прощенного долга и, как следствие, обязанность уплатить налог. В вашем случае будет разумным заключить безвозмездный договор цессии (уступки права требования к обществу) между вышедшим и оставшимся учредителями, поскольку они оба физлица и между ними возможны безвозмездные сделки Тогда оставшийся учредитель сможет перераспределить себе долю вышедшего проведя зачет обязанности Общества оплатить переходящую к нему долю в УК и права требовать выплаты реальной стоимости этой доли.
Что касается вопроса о подписании — то вам необходимо оформить не протокол, а решение единственного участника (подписывается оставшимся участником), поскольку с момента получения обществом заявления 2го участника о выходе он считается вышедшим и его доля участия в голосовании не принимает.