здравствуйте Павел!
Да, действия бухгалтера правомерны.
Оплата ежегодного отпуска производится исходя из среднего заработка работника.
Постановление Правительства РФ от 24.12.2007 N 922 (ред. от 15.10.2014) «Об особенностях порядка исчисления средней заработной платы» пункт 4 и пункт 5в:
— Расчет среднего заработка работника независимо от режима его работы производится исходя из фактически начисленной ему заработной платы и фактически отработанного им времени за 12 календарных месяцев, предшествующих периоду, в течение которого за работником сохраняется средняя заработная плата.
— При исчислении среднего заработка из расчетного периода исключается время, а также начисленные за это время суммы, если работник не работал в связи с простоем по вине работодателя или по причинам, не зависящим от работодателя и работника.