Здравствуйте!
Нет, не должны. Подтверждением тому — письмо Минфина от 27.06.11 № 03-04-05/5-443:
Согласно статье 235 Гражданского кодекса Российской Федерации (далее — Гражданский кодекс) изменение состава собственников, в том числе переход имущества к одному из участников общей собственности, не влечет для этого лица прекращения права собственности на указанное имущество.
При этом на основании статьи 131 Гражданского кодекса изменение состава собственников имущества предусматривает государственную регистрацию такого изменения.
В связи с этим, моментом возникновения права собственности у участника общей собственности на квартиру, является не дата повторного получения свидетельства о праве собственности на имущество в связи с изменением состава собственников квартиры, в том числе смерти одного из сособственников, и размера их долей, а момент первоначальной государственной регистрации права собственности на данную квартиру.
Пунктом 17.1 статьи 217 Кодекса не подлежат налогообложению налогом на доходы физических лиц доходы, получаемые физическими лицами, являющимися налоговыми резидентами Российской Федерации, за соответствующий налоговый период от продажи, в частности, квартиры, находившейся в собственности налогоплательщика три года и более, а также при продаже иного имущества, находившегося в собственности налогоплательщика три года и более.
То есть, в целях применения п. 17.1 ст. 217 НК РФ (освобождение от НДФЛ), срок в три года начинает течь с момента регистрации доли и не начинает течь заново, если произошла перерегистрация, связанная с увеличением таковой.