Естественно, ему так выгодней. В этом случае Вы будете не работником по трудовому договору, а ИП, которое оказывает услуги. Таким образом, работодатель фактически будет связан с Вами только гражданско-правовым договором: ни гарантированного отпуска, ни налогов, ни больничного, ни тем более, декрета или гарантий при расторжении трудового договора у Вас не будет. При этом, доказать, что Вы работаете как физлицо Вы не сможете.
Более того, отчислять налоги, вести свою бухгалтерию Вы должны будете сами, а также Вы будете отвечать по долгам всем своим имуещством. Это минусы
Из плюсов: — весьма слабые — Вы будете не наемным работником, а партнером, соответственно, требвоания руководителя остаться сверхурочно, выполнить другую работу и т.д. можно игнорировать. За прогулы Вас тоже не уволят. Но, при грамотно составленном договоре (внести изменения в который Вам не дадут) все эти плюсы нивеллируются, скажем, большим объемом работы илир срочностью договора.
Что делать? Решать Вам, если работа очень нужна — устраивайтесь, если есть другие варианты — обдумайте их.