Здравствуйте!
по общему правилу подсудности иск подается по месту нахождения ответчика (ст.35 АПК РФ).
в ряде случаев истец вправе подать иск по своему выбору в арбитраж по месту исполнения договора если в договоре прямо указано место его исполнения (п.4 ст.36 АПК РФ).
также в Вашем случае не исключено применение договорной подсудности согласно ст.37 АПК РФ.
Чтобы определить применимо ли в Вашем случае условие о договорной подсудности необходимо изучить первоначальный договор и соглашение, которым была изменена сторона — подрядчик, уточнить какие условия первоначального договора были приняты, а какие нет.
Пока этот вопрос точно не выяснен без изучения документов, сохраняется риск, что в случае Вашего обращения с иском в арбитраж С.Петербурга, суд передаст дело на рассмотрение Арбитражного суда Москвы по месту нахождения ответчика. Согласно п.3. части 2 ст.39 АПК Арбитражный суд передает дело на рассмотрение другого арбитражного суда того же уровня в случае, если при рассмотрении дела в суде выяснилось, что оно было принято к производству с нарушением правил подсудности.
Для более точного ответа необходимо изучить документы. Вы можете обратиться для этого ко мне в чат для индивидуальной консультации.
Удачи!