Может ли работодатель подать в суд, на выплату денег за обучение?

Вопрос сложный, в большей степени от того что не известно всех обстоятельств дела.

Если у организации и учебного учреждения есть договор по которому Вы обучались, если организация может предъявить в суд платежные поручения, свидетельствующие о том, что они оплачивали Ваше обучение, а Вы не предоставите в суд доказательства того, что Вы передавали деньги директору, то в таком случае судебное решение будет не в Вашу пользу. К большому сожалению.

Желательно знать каким образом, бухгалтерия оформляла те деньги которые Вы передавали директору, а он соответственно организации. А возможно и другая ситуация, когда директор мог и не отдавать эти деньги, и предприятие из своих средств оплачивала Вашу учебу, в таком случае это предмет рассмотрения уголовного законодательства.

Обратитесь к юристам практикующим в Вашем городе, объясните ситуацию, покажите имеющиеся документы. Советовать что-то еще в рамках консультации на данном сайте я бы не стал, во избежании негативных последствий.