Анастасия, здравствуйте.
Не войдут. Отпуск по беременности и родам и отпуск по уходу за ребёнком в пять лет не засчитываются: договор о компенсационной выплате продлевается на это время, и недостающее вы доработаете после выхода.
Так следует из пп. «а» п. 7 федеральных Правил предоставления единовременных компенсационных выплат (приложение № 5 к госпрограмме «Развитие здравоохранения», утв. постановлением Правительства РФ от 26.12.2017 № 1640). Фельдшер обязан отработать пять лет со дня заключения договора, а договор продлевается на период, когда трудовая функция не исполняется в полном объёме. Исключено из этого правила только время отдыха по ст. 106 и 107 ТК РФ. Отпуска по беременности и родам и по уходу за ребёнком установлены ст. 255 и 256 ТК РФ, и работы в это время нет. Зачёт отпуска по уходу в трудовой стаж (ст. 256 ТК РФ) на срок по договору не влияет.
Увольняться перед декретом не нужно: на время отпуска по уходу место работы за вами сохраняется. А уволившись до истечения пяти лет, придётся вернуть часть выплаты пропорционально неотработанному времени (пп. «б» п. 7 тех же Правил).
Попросите работодателя и региональный минздрав оформить дополнительное соглашение о продлении договора на период отпусков и сверьте свой договор: порядок продления в нём может быть расписан подробнее.